李波 Bo Li — AI for Biology：从多模态虚拟细胞到实验决策

PhenoProfiler: Advancing Phenotypic Learning for Image-based Drug Discovery

Bo Li, Bob Zhang^*, Chengyang Zhang, Minghao Zhou, Weiliang Huang, Shihang Wang, Qing Wang, Mengran Li, Yong Zhang, Qianqian Song^*

Nature Communications 17, 793 (2026)  ·  Paper  ·  Webserver  ·  Code  ·  arXiv  ·  BibTeX

简介：直接从高内涵显微图像学习细胞表征，用于表型分析和药物发现，把图像特征与不同细胞扰动之间的生物学差异联系起来。

SpaIM: Single-cell Spatial Transcriptomics Imputation via Style Transfer

Bo Li^†, Ziyang Tang^†, Aishwarya Budhkar, Xiang Liu, Tonglin Zhang, Baijian Yang^*, Jing Su^*, Qianqian Song^*

Nature Communications 16, 7861 (2025)  ·  Paper  ·  Code  ·  Data  ·  BibTeX

简介：通过风格迁移整合单细胞与空间转录组数据，预测空间基因表达，把刻画细胞身份和组织结构的两类互补测量联系起来。

VCDesign: Finite-Budget Intervention Design for Virtual Cells

Bo Li^†, Lin Wang^†, Bob Zhang^*, Mengran Li, Zhenchao Tang, Chengyang Zhang, Minghao Sun, Chengliang Liu, Zhiyuan Liu, Yang Zhang^*

Manuscript 2026  ·  Project  ·  Manuscript  ·  Code  ·  Data  ·  BibTeX

简介：在有限的实验预算下对可行干预进行排序，利用历史扰动数据和生物学知识，为尚未测得响应的候选干预确定优先级，并用独立测得的实验结果评估所选干预。

Measurement resolution constrains fine-grained perturbation prediction

Bo Li^†, Chengyang Zhang^†, Mengran Li^†, Bob Zhang^*, Lin Wang, Zhenchao Tang, Jun Liu, Chengliang Liu, Chen Wei, Yuhao Yi^*, Jiancheng Lv, Yang Zhang^*

Manuscript 2026  ·  Project  ·  Manuscript  ·  Code  ·  Data  ·  BibTeX

简介：把测量本身的局限和模型的局限分开：先检验实验能否可重复地区分细粒度的扰动效应，再检验预测模型能否恢复这些差异，而不只是学到共有的响应模式。

DrugDis: Disentangling general and context-specific effects in drug-response prediction

Bo Li^†, Chengliang Liu^†, Yuzhong Peng^†, Bob Zhang^*, Qing Wang, Pinxian Zeng, Mengran Li, Shenghui Huang, Chuxia Deng^*, Yang Zhang^*

Manuscript 2026  ·  Project  ·  Manuscript  ·  Supplement  ·  Code  ·  Data  ·  BibTeX

简介：把药物和样本的通用效应与情境特异的交互效应分开，揭示整体预测精度由什么驱动，以及模型改进是否真正恢复了生物学解释所需的响应成分。

MVCBench: A Multimodal Benchmark for Drug-induced Virtual Cell Phenotypes

Bo Li^†, Qing Wang^†, Shihang Wang^†, Bob Zhang^*, Yuzhong Peng, Pinxian Zeng, Chengliang Liu, Mengran Li, Ziyang Tang, Xiaojun Yao, Chuxia Deng, Qianqian Song^*

bioRxiv 2026  ·  Project  ·  Preprint  ·  Code  ·  Data  ·  BibTeX

简介：对药物诱导的转录组与形态学响应，系统评测分子与细胞表征，检验哪些预测增益能跨化合物、细胞系、实验批次和数据集保持。